XFree86サーバーの設定はXクライアントがアクセスするまでは無効です。Xクライアントはこの設定を使用して、Xサーバーが制御するハードウェアが使用するプログラムを表示します。Xクライアントは、Xサーバーのハードウェアを利用するために設計されたプログラムで、通常はユーザーとの対話機能を提供します。
Xクライアントアプリケーションを使用するために、特定のデスクトップ環境で複雑なウィンドウマネージャを実行する必要はありません。まだX環境に入っておらず、ホームディレクトリに.xinitrcファイルがない場合には、xinitコマンドを入力して基本端末ウィンドウでXを起動します（デフォルトのxtermアプリケーション）。この基本的な環境では、XFree86サーバーのハードウェア環境設定を使用して、サーバーでキーボード、マウス、ビデオカード、モニターを使用することがわかります。xtermプロンプトでexitと入力して、この基本的なX環境を終了します。
無論、コンピュータユーザーの大多数はそのGUIよりも豊富な機能とユーティリティを必要とします。開発者は機能層を追加して、XFree86サーバーのすべての能力を利用する高度に開発された対話式環境を作り出します。これらの機能層はその目的に基づいて2つの基本グループに分けられます。
ウィンドウマネージャは他のXクライアントを配置、サイズ変更、移動する方法を制御するXクライアントプログラムです。また、ウィンドウマネージャはウィンドウのタイトルバー、キーボード、マウスのどれかによるキーボードフォーカス、ユーザー指定のキーとマウスボタンのバインディングを使えるようにします。ウィンドウマネージャはさまざまなXクライアントについて、プログラムの外形を整えて一定の様子に見えるようにし、画面の特定の場所に表示されるようにします。
Red Hat Linuxには、さまざまなウィンドウマネージャがあります。
twm —最小限のタブウィンドウマネージャであり、ウィンドウマネージャの中で最も基本的なツールセットを提供します。
fvwm2 —twmウィンドウマネージャから派生したもので、低メモリ条件で3D表示を行えます。
sawfish —GNOMEデスクトップ環境向けのデフォルトのウィンドウマネージャであり、GNOMEなしで使用することができます。
wmaker —WindowMakerは全機能付きのGNUウィンドウマネージャであり、NEXTSTEP環境のルック&フィール（使い勝手）をエミュレートするために設計されています。
これらのウィンドウマネージャはそれぞれの違いを生かすために個々のXクライアントとして実行することができます。xinit<path-to-window-manager>コマンドを入力します。ここで、<path-to-window-manager>はウィンドウマネージャバイナリファイルの位置です。バイナリファイルは、which<window-manager-name>と入力するか、binディレクトリでウィンドウマネージャの名前を探すことで見つけることができます。
デスクトップ環境は、共通の開発環境を利用して同じような方法で一緒に実行できる種々のXクライアントをまとめます。
デスクトップ環境は、Xクライアントウィンドウの外観と配置のみを制御するウィンドウマネージャと異なり、Xクライアントとその他の実行プロセスが互いに通信できる高度な機能が含まれています。これにより、その環境で動かすために作成されたすべてのアプリケーションを統合して、テキストのドラッグ&ドロップ動作のような新しい方式で使用できるようになります。
GNOMEは、GTK+ベースのウィジェットツールキットや基本機能を拡張するその他の種々のウィジェットを使用する、Red Hat Linuxのためのデフォルトのデスクトップ環境です。別のデスクトップ環境であるKDEは、Qtと呼ばれる別のツールキットを使用します。GNOMEとKDEには共に、ユーザー経験に従ったルック&フィール（使い勝手）を完全に実現できるようにするワードプロセッサ、スプレッドシート、コントロールパネルデバイスなどの高度な生産性のあるアプリケーションが入っています。Qtライブラリがインストールされている場合は、GNOMEとKDEの両環境は標準のXクライアントアプリケーションを実行することができ、一部のKDEアプリケーションはGNOMEで実行することができます。
startxコマンドを使用してXを起動すると、あらかじめ指定されたデスクトップ環境が使用できます。X起動時のデフォルトのデスクトップ環境を変更するには、ターミナルを開きswitchdeskコマンドを入力します。これにより、次回にXを起動するときに使用するデスクトップ環境か、ウィンドウマネージャを選択できるグラフィカルユーティリティが呼び出されます。
デスクトップ環境はウィンドウマネージャを使用して、さまざまなアプリケーション間の外見が一貫性を持つようにします。KDEには、特にこの機能のためにkwmと呼ばれる独自のウィンドウマネージャがあります。
GNOMEとKDEのデスクトップ環境のカスタマイズに関する詳細については、オフィシャル Red Hat Linux 入門ガイドを参照してください。